Можно после выполнения команды Disconnect сделать небольшой sleep (заведомо больше по времени, чем обработка <server_status> connected=false в коллбэк-функции)
Следующей строчкой после SendCommand вы имеет следующую ситуацию. 2 потока. Основной поток стоит на позиции после SendMessage. Второй поток стоит в Callback от этой самой команды. UnInitialize проходит без ошибки. На FreeLibrary появляется AccessViolation.
2 потока, о которых Вы пишете, это реализация Вашего проекта?
Необходимость остановки коннектора на уровне выгрузки библиотеки в процессе работы программы чем вызвана?
Если есть возможность, можете написать небольшой тест библиотеки, который воспроизводит проблему у Вас и прислать его на support@transaq.ru?
В любом случае, мы еще раз проверим корректность работы библиотеки при UnInitialize и последующем FreeLibrary. О результатах сообщим